在藏语中“乃”即“地方”意思，而“琼”是“小”的意思，乃琼寺意思就是哲蚌寺下的一个“小地方”，一个小的不需要人们注意。但这乃琼寺却是历史上西藏著名的佛教高等学府，每年考中格西学位的喇嘛多出于此，现在仍是西藏的佛学院。
现在的乃琼寺建于村居之间，仅仅是个小小的四方院落，院门东开。在传说中是于公元八世纪莲花大师将凶恶的乃琼多吉札丹降伏，将其变为藏传佛教的护法神。因此乃琼寺里有西藏最神奇的一种巫师，也就是法力无边的乃琼神汉，同时也保存下来一种降神的宗教仪式。
乃琼寺大殿及四廊的壁画色彩浓重辉煌，和其他寺庙不同，颇值得一看，内容几乎都跟护法和降魔，地狱与苦难相关。
交通乃琼寺在哲蚌寺的边上。从拉萨市区可乘出租车前往，到山脚20元，到山上30元。也可从市区坐301路或302路中巴到达山脚，有时候山下有中巴或卡车载客上山，1元/人。如步行上山，约需半小时。
门票门票25元。