在藏語中“乃”即“地方”意思，而“瓊”是“小”的意思，乃瓊寺意思就是哲蚌寺下的一個“小地方”，一個小的不需要人們注意。但這乃瓊寺卻是歷史上西藏著名的佛教高等學府，每年考中格西學位的喇嘛多出于此，現在仍是西藏的佛學院。
現在的乃瓊寺建于村居之間，僅僅是個小小的四方院落，院門東開。在傳說中是于公元八世紀蓮花大師將兇惡的乃瓊多吉札丹降伏，將其變為藏傳佛教的護法神。因此乃瓊寺里有西藏最神奇的一種巫師，也就是法力無邊的乃瓊神漢，同時也保存下來一種降神的宗教儀式。
乃瓊寺大殿及四廊的壁畫色彩濃重輝煌，和其他寺廟不同，頗值得一看，內容幾乎都跟護法和降魔，地獄與苦難相關。
交通乃瓊寺在哲蚌寺的邊上。從拉薩市區可乘出租車前往，到山腳20元，到山上30元。也可從市區坐301路或302路中巴到達山腳，有時候山下有中巴或卡車載客上山，1元/人。如步行上山，約需半小時。
門票門票25元。