坐落于合肥市学府路（黄山路）西侧。美丽又现代的学府路上高校云集，除中国科大外，还有合肥学院、安徽大学、解放军电子工程学院、解放军炮兵学院、安徽省电力职工大学等多所高等院校。

科大本部既位于黄山路，亦位于贯穿合肥南北的主干道金寨路上。除本部外，科大还建有南校区和北校区。校园本部面积137万平方米（2055亩），建筑总面积65万平方米，拥有各种先进的教学、科研仪器和设备。