坐落于合肥市學府路（黃山路）西側。美麗又現代的學府路上高校云集，除中國科大外，還有合肥學院、安徽大學、解放軍電子工程學院、解放軍炮兵學院、安徽省電力職工大學等多所高等院校。

科大本部既位于黃山路，亦位于貫穿合肥南北的主干道金寨路上。除本部外，科大還建有南校區和北校區。校園本部面積137萬平方米（2055畝），建筑總面積65萬平方米，擁有各種先進的教學、科研儀器和設備。