南佐遺址現存9處大型夯土臺基，北部1處大型建筑一號基址已發掘。一號基址為地面建筑基址，長方形，長33．5、寬18．8米。三面有夯筑木骨墻。房址中央有東西向隔墻，將房址分為兩部分，墻體開三個寬1．6米的門道，通連前后，形成前堂后室結構。后室近隔墻有大灶，墻上抹草拌泥，并經燒烤。房址地面為白灰面。房外有散水臺，臺外還有排水溝，臺、溝均經燒烤。在一號房基周圍分布著若干小型房址。

南佐遺址發現的大型建筑基址，結構宏偉，與秦安大地灣大型建筑基址相近，表明它是涇、渭地區又一處高等級的中心遺址，對研究中國仰韶文化的社會形態具有重要歷史價值。

南佐遺址屬全國重點文物保護單位，位于甘肅省西峰市西南6公里的后官寨鄉南佐村，是新石器時代（約公元前4000年－前2000年）的遺址。