媽祖廟位于蜈支洲島上，是海南最古老的廟宇之一。漁人虔誠供奉航海保護神媽祖，媽祖冥冥中世代護佑著漁人的平安。古樸斑斕的廟堂，燃一柱香，許一個沉默的愿，懷想悠遠的歲月往昔。據說是供奉中國漢字的創造者倉頡。清朝政府倒臺后，庵堂無人管理，漁民不知所供何神，遂推倒重塑航海保護神媽祖。原建廟宇早已坍塌破敗，1993年島嶼的開發建設者又將其重建。

媽祖廟的傳說：

相傳清代有位名叫吳華存的道人，遍游海南諸島訪煉丹修身之處，最終看中了蜈支洲島的風水，欲占此島結廬而居。此事被當時的崖州知府獲悉，也來此島，果見小島風光和風水具佳，認為這塊寶地不應為個人所有，理應造福眾人。于是制止吳道人的行為，由州府集資于1898年在島上建一庵堂，取名“海上涵三觀”。