申扎縣地處那曲地區那曲鎮以西600公里，縣城座落在山腳，西邊是甲崗雪山，西北可見格仁措。橫亙在格仁措河縣城之間的一片沼澤是申扎黑頸鶴繁殖地自然保護區的一部分，每年春夏都有上百只黑頸鶴在此筑巢棲息。

申扎位于西藏腹地，境內湖泊眾多，有“九湖環縣”之說，如扎仁措、錯鄂鳥島、鬼湖、色林措等都在其境內。申扎的濕地是藏北高原濕地的主要部分。大片的高原濕地基本上保持了原始狀態，完好地保存了許多瀕于滅絕地珍稀野生生物物種資源。

濕地主要植被分別由高寒草原、高寒草甸、高寒河灘藻叢，沼澤和水生植被組成；濕地常見鳥類有地中海綜頭鷗、班頭鷹、赤麻鴨、黑頸鶴等。

申扎自然保護區生活的鳥類達120多種，其中國家保護的一、二級鳥類有29種，如黑頸鶴、黃鴨、天鵝等。每年7～8月間不計其數的鳥類在這里翩翩起舞，景象異常壯觀。

申扎自然保護區位于那曲申扎縣附近，建立于1993年。這里是鳥的樂園。聚居的鳥類有120多種，景象異常壯觀。這里是我國最高最大的黑頸鶴保護區和繁殖地。