貢薩寺位于海拔4300米的嘉吉阿尼噶寶山坡上，是12世紀由拔噶舉派的創始人拔達瑪旺秀的心傳弟子秋杰次成幫巴創建，由此產生秋杰活佛轉世系統。第二世秋杰索南扎巴擴建寺院并改宗為直貢噶舉派。公元15世紀，五世達賴昂旺洛楹嘉措又將該寺改宗為格魯派寺院。

1981年寺院從治多縣城北面鬧布旺江舊址搬遷到現在的新址，并修建了大經堂、彌勒佛殿、密宗和護法神殿及活佛寢宮等建筑，寺內存有《甘珠爾》、《丹珠爾》等佛經不計其數。貢薩寺宗喀巴大佛為世界最大的室內銅制鍍金佛像，并被授予“大世界基尼斯之最”證書。

貢薩寺位于玉樹州治多縣城西9公里處，可在結古鎮三叉路口搭乘私營小面包車前往，車程4小時，車費40元左右，途徑風景優美的隆寶灘自然保護區。