額爾古納河是黑龍江的右上源，額爾古納市也得名于額爾古納河，“額爾古納”為蒙古語，意為“捧呈、奉獻”。當海拉爾河從大興安嶺發源，流至呼倫貝爾草原西部扎賚諾爾北阿巴該圖附近時，突然轉向東北流去，其形正成165°，有如人捧呈遞獻東西之狀，故從此處改河名為額爾古納河。

額爾古納市歷史悠久，是舉世公認的蒙古族發祥地，隋唐時期，蒙兀室韋部落就在這里游牧狩獵，繁衍生息。清康熙二十八年，即公元1689年，《中俄尼布楚議界條約》簽訂，確定額爾古納河為中俄界河，至今未變。