佐海黑教寺創建于藏歷第一勝生之前的水虎年，距今有900年的歷史。該寺的創建人是則秀上師珠旺頓尼夏普爾，尊稱為大禪師雍仲嘉參。佐海黑教寺修持的教義主要是西藏原始宗教苯教祖師辛饒導師的立說“九乘教法”、《四門》、《五藏》以及其他內外密諸法。

佐海黑教寺的主要法事有，每年春季正月十五舉行析愿大法會和供佛法會；夏季舉行修持法會并進行坐夏；冬季舉行消災回遮法事，跳法舞。另外，堅持顯密兼修，寺內經常舉行普明、普空、藥師、時輪等法會；每月上旬、下旬舉行長善凈惡儀軌等。

佐海寺有大經堂一座，內供奉有苯教祖師的幾尊大佛像，和十六羅漢以及顯密卷軸畫像，藏經《甘珠爾》等經卷二百余函。經堂的門樓和天窗上布滿紅黑旗旌，比之其它寺院更顯神密而深暗。該寺現有僧人30多名，僧舍30余間。其經堂和僧舍及部分法事活動可供游人參觀。

位于夏河縣甘加鄉境內的佐海苯教寺也稱佐海黑教寺，是苯教奠基的350座寺院之一，也是毗鄰地區規模較大的苯教寺。