宋元豐元年（1078），蒙城縣令王競始建莊子祠，蘇軾為記：“莊子蒙人也，嘗為蒙漆園吏。沒千余歲而蒙未有祠之者，縣令、秘書丞王競始作祠，求文以為記……。”此祠堂建于渦河北岸漆園故址，主要建筑有逍遙堂、夢蝶樓、觀魚臺等。每年祭祀，從未間斷，至明朝天順年間被洪水淹沒。《莊子祠堂記》收在《蘇東坡全集》中。

明萬歷8年（1580），知縣吳一鸞于縣城東關重建。重建的莊子祠堂規模宏大，頗為壯觀。有逍遙堂、夢蝶樓、卷篷各三間，道舍三間，魚池橋一座。左為夢蝶樓，右為觀魚臺。逍遙堂居中，堂中塑莊周像，每年春秋祭祀。明崇禎5年（1632），知縣李時芳重修逍遙堂，增建五笑亭，辟池為莊子濠上觀魚園，并新撰《新修莊子祠記》，刻碑立于祠內。門前立丈余高的石碑，鐫刻“莊周故里”四個大字。

現存莊子祠是蒙城縣政府在宋代莊子祠舊址上新建的，總占地面積52畝，總建筑面積1086平方米，全祠由祠堂建筑群與萬樹園兩部分組成。主要建筑有大三門、影壁、山門、逍遙堂、古衡門，濮池、五笑亭、觀臺、觀魚橋、夢蝶樓、南華經閣、東西碑廊、道舍、客舍等。

10元