女媧祠的建造年代，目前可追溯到秦朝，距今已有2000多年的歷史。1986年，天水牧馬灘出土秦墓木板地圖，其中繪制葫蘆河的2號圖標有一亭形物。據學者考證，此亭形物當為女媧祠。胡纘宗在《秦安志》中也記載，女媧祠“建于漢以前”。

北魏時期，酈道元撰《水經注》，首次指出了女媧祠的具體位置。其《渭水篇》云：“略陽川水又西北流入瓦亭水。瓦亭水又西南出顯親峽，石宕水注之。水出北山，山上有女媧祠。庖羲之后有女媧焉，與神農為三皇矣。其水南流注瓦亭水”。略陽川水，即今清水河，自東向西流入瓦亭水(今葫蘆河)。顯親峽在今秦安縣葉堡鄉和安伏鄉之間，相傳伏羲女媧在此結婚，繁衍人類。

自酈道元之后千余年間，女媧祠所經歷的滄桑變遷，史料乏載。到了明嘉靖年間胡纘宗修《秦安志》時，隴城北山有女媧廟故址，廟宇存而祭祀廢。“北山”，即清宣統《甘肅新通志》中所言的“龍泉山”。可見，最遲在明代，女媧祠已移建于隴城龍泉山，并更名為女媧廟。

清乾隆初年，龍泉山崩，女媧廟被毀。道光后，廟移建于隴城鎮東門內。不久，大水逼城，廟又移建于東山坪。同治初年，廟又毀于戰亂，再徙隴城城南隍廟舊址。

“文革”期間，女媧廟再度被拆毀。1989年和2000年，隴城民眾先后于原址重建女媧廟，建成一座占地160平方米的“媧皇宮”，軒楹宏敞，飛檐獸脊，流丹飛碧，雕梁畫棟，內置著名雕塑家何鄂創作的女媧像。2005年，女媧廟被秦安縣人民政府公布為縣級文物保護單位。