水師府位于振揚門北側，為中軸對稱二進式仿古建筑，座北朝南分布，占地3220平方米，建筑面積1100平方米。大門南向，正對振揚門，東西兩側分別建有四柱斗拱飛檐碑亭，亭內分別立“忠”、“孝”字碑，二字相向。碑高皆三米，碑背分別刻戚繼光生平和戚景通（繼光父）生平。

水師府為二進式院落，每進有正廳和東西廂房各一，且有回廊相連結。正廳、廂房皆單檐，琉璃瓦覆面，脊置六獸，皆有前明廊連于回廊。正廳屋面開山，廂房屋面歇山。現辟為戚繼光紀念館.