乃旦寺位于昌都類烏齊縣加桑區雨扎鄉烏入村東南約200米高的山上，寺廟四面山巒遍布著蔥綠的樹木，吉曲河水西流，景色宜人。“乃旦”在藏語中為羅漢之意，因北面的多宗山猶如十六尊羅漢而得名。

乃旦寺由大伏藏掘藏師覺久林巴建于1820年，建筑風格為藏式平項式，寺內還供奉有《甘珠爾》和《丹珠爾》二經以及舊唐卡50多幅。整座寺廟具有獨特的藝術風格，對研究紅教發展提供了珍貴的歷史資料。