三元宮位于大長山島三官廟村，始建于明末清初，后來被毀。現在的三元宮是現代新建的，為遼南地區最大的道家宮觀。

三元宮為仿古式建筑，分前、中、后三進院。三元宮的“三元”是根據上關日賜福、地關日消災、水關日解禍而來。廟門前有高5米的寶鼎，前院中間是觀音殿，東側是關帝殿，此外還有八仙殿、三宵殿、藥王殿、龍王殿、媽祖殿等。藏經閣位于三元宮的最高處，是欣賞海島風光的最好去處。每天清晨6時，在島上鎮區內都能聽到從三元宮的鐘樓里傳出的鐘聲。