多吉扎寺在貢嘎縣雅魯藏布江北岸。16世紀末葉由藏傳佛教寧瑪派（紅教）僧人扎西道杰興建，為寧瑪派在西藏的重要寺院之一，與敏珠林寺齊名。清康熙五十七年（1718年）蒙古準噶爾部軍隊侵擾西藏期間，寺院建筑遭到嚴重破壞，頗羅鼐掌管西藏地方政權期間（1728—1747年）又加以重修。