重檐歇山造，原面寬五間，明擴為七間，進深六間，殿內豎有20根木石連接大柱，仍保存宋代建筑風格。與福州華林寺、寧波保國寺并稱為江南古建之華。 三清殿包括山門、三清殿、通明殿、九御殿、四官殿、文昌殿和五帝廟、東岳殿、五顯廟、西岳殿等。 

　  三清殿東面的東岳殿，今仍保存著宋代龍柱，明代梁架結構，梁架上彩繪著道教圖案，是南方罕見的古建實物。
    三清殿和東岳殿之間的庭院，現已辟為“碑園”，集中存放著從全市各地收集來的碑碣石刻。其中最為寶貴的是宋徽宋趙佶手書的瘦金體《神霄玉清萬壽宮碑》、宋孝宗的《賜少保陳俊卿扎碑》和陳俊卿的謝恩表文。《興化軍祥應廟記碑》是研究宋代莆田對外貿易的不可多得的寶貴材料，也是我國人民和印尼人民貿易往來的歷史見證。
    此外，尚有蘇軾、文天祥、周瑛等歷史名人的題刻，薈集著真、草、篆、隸等各體書法，琳瑯滿目，是珍貴的文化遺產。

三清殿坐落于市區內北河兼濟橋（觀橋）北岸，是唐代貞觀二年（628年）創建的道教廟觀建筑群中遺存的主體建筑物之一，系全國重點文物保護單位。宋代名“天慶觀”，元代更名“玄妙觀”，清代改稱“元妙觀”。

市內乘坐3、21、18路公交車可到。