清凈寺創建于北宋大中祥符二年（公元1009年，回歷400年），公元1309年由伊朗艾哈默德重修。寺是仿照敘利亞大馬士革伊斯蘭教禮拜堂的形式建筑的，現存主要建筑有大門樓、奉天壇和明善堂，是阿拉伯穆斯林在中國創建的現存最古老的伊斯蘭教寺。
大門樓的外觀具有傳統的阿拉伯伊斯蘭教建筑形式。“奉天壇”是穆斯林禮拜的地方，現僅存四圍石墻。壇的屋蓋明代年間倒塌，殿內四周的空地上尚存花崗巖的殘礎。入東墻尖拱形正門，看西墻正中有一法拱形的高大璧龕，龕內刻有古阿拉伯文的《古蘭經》經名石刻，保存完好。
寺的西北角為“明善堂”建于明隆慶元年（公元1567年），因奉天壇禮拜殿屋蓋倒塌后，教徒們便移此做禮拜。在門摟的東側“祝圣亭”內立有元至正十年（公元1350年）、明萬歷三十七年（公元1609年）重修清凈寺的碑記，是研究泉州伊斯蘭教的重要物證。
為我國現存最早、最古老的具有阿拉伯建筑風格的伊斯蘭教寺，位于鯉城區涂門街中段，具有典型的古典阿拉伯伊斯蘭建筑風格,是中國與中東深厚友誼和文化交流的歷史見證。全國重點文物保護單位。
寺內有明成祖于永樂五年（公元1407年）頒發保護清凈寺和伊斯蘭教的《敕諭》石刻一方，極為珍貴。
交通從市中心華僑大廈步行幾分鐘即可到達。
公共汽車:3路、4路、5路、6路、7路、8路、9路、16路、18路、19路、26路
門票3元
8:00－17:30