清水巖始建于北宋元豐6年（公元1083年），明嘉靖43年（公元1564年）重修。巖宇依山而建呈三層樓閣式，總面積11.1平方公里，有“泉石無雙地，蓬萊第一峰”之譽。

清水巖原名張巖，北宋永春岵山陳普足禪師在此修行，見泉石清冽，改名建寺。1101年普足禪師圓寂。鄉人刻沉香木像敬奉，號“清水祖師”。隨著鄉民遷居，分爐敬祀，現臺灣有清水祖師廟60多座。東南亞華僑聚區，如馬來西亞檳城著名的“蛇廟”，也供奉清水祖師。

清水巖廟宇依山而筑，下臨深壑，為三層樓閣式。一層昊天口，二層祖師殿，三層釋迦樓。三層兩邊各有檀樾廳、觀音廳、芳名廳。殿后有宋建清水祖師骨灰“真空塔”，上有新筑三重檐方亭。殿宇紅磚墻、青灰瓦，危樓重閣，隱在青松翠竹、煙嵐繚繞的山頂，典雅壯觀。

巖宇附近有各具特色的景致：“獅喉”、“清珠簾”、“方鑒壙”、“枝枝向北”、“羅漢松”、“覺亭”、“石栗柜”、“巖圖碑刻”、“三忠廟”等。其中的“枝枝朝北”是一棵百年樹齡的古樟樹，相傳為感岳飛蒙難而枝杈北向，“巖圖碑刻”系浮雕清水巖石全景碑，明代立，是罕見的古“導游圖”。沿山麓向上還有半嶺亭、護界宮和袈裟石、石船、石臼等千姿百態。廟宇后峰巔有四根石筍，挺峭扦天，誠為奇觀。