萬福寺位于黃檗山麓，距福州約70公里，為全國重點寺廟。始建于唐德宗貞元五年（789年），此后，萬福寺幾經興衰，至“文革”期間，寺宇毀壞盡。中共中央十一界三中全會之后，重修萬福寺，使這個東南沿海名剎呈現新輝。

萬福禪寺歷代高僧輩出，尤其是隱元禪師，于清順治十一年（1645年）東渡日本后，把建筑、雕塑、書法、印刷、醫藥、音樂等大量先進文化傳入日本，并在日本發展黃檗禪宗，1867年，日本黃檗宗衍為十一派，嗣法者4648人，成了日本佛教的一大盛宗。黃檗山萬福寺也因此而成為日本黃檗宗的祖庭。

現山門、天王殿、鐘鼓樓、大雄寶殿、法堂、禪堂、隱元紀念堂等皆輪換一新。1997年12月8日，隆重舉行重建落成暨佛像開光慶典。現寺中文物尚遺石槽三口，其中宋代一口有“僧淳生為四恩三有舍，慶歷五年己酉（1045年）七月造，住持沙門復其”的題刻。

萬福寺位于福清漁溪鎮西北，一代高僧隱元禪師住持，使該寺一度成為東南沿海名剎和福建佛教文化中心。后隱元卒弟子東渡弘法，在日本京都建萬福寺創立了黃柒宗，留下中日文化交流的佳話。