神秘谷为天柱山一大奇观，位于飞来峰下，号称花岗岩洞第一秘府，有“天柱一绝”之称。
神秘谷石由龙宫、迷宫、逍遥宫等组成，自龙吟虎啸崖入口，穿过五指峰，紧傍飞来峰，环绕衔珠峰，直达渡仙桥，全长400多米，落差100多米。
谷底54个洞穴形态各异，洞中有洞，洞洞相连，神秘莫测。洞内有牖、庭、门、石梯、石栏，九曲回廊，豁然开朗。洞宽处容人无数，河底卵石清晰可见；洞低处人必须匍行，一人挡道全洞漆黑；洞大时数人并步，可坐石小憩；壁陡处上下相连，手足并用；阴森处凉气袭人，七弯八拐让人忐忑不安；明亮时泉水叮咚，松吟鸟鸣。
道家视此地为洞天福地，道书称之为第十四洞天，称司元洞府。旧志称此洞“空邃可容万余武，下有水晶岩，直通沧海。后呼为总官洞。”
特别提醒：1、此景点山洞众多，光线较差，最好上山时就自带手电筒。
2、神秘谷入口处现新修直达山顶的山道，取名神秘谷，前往原神秘谷应走入口处的左边。
神秘谷堪称天柱山最神秘处。一是因谷奇，从外面上看神秘谷，一谷乱石堆而已，而近百石洞全在迭石巧堆之中，游客再多，只闻其声，难见其人。二则自古就有许多神秘传奇故事。
交通从天柱山庄步行1个半小时可到，另可乘青山涧索道（35元/人）。